Pada tanggal 7 April 1984 didirikan cikal bakal B2P2VRP di Ungaran Kabupaten Semarang sebagai UPT dan Badan Litbang Kesehatan. Kemudian pada tahun 1987 hingga 1999 UPT tersebut diberi nama Stasiun Penelitian Vektor Penyakit berdasarkan SK MENKES RI NO 556/MENKES/SK/VII/1987. Pertama kali SPVP ini diketuai oleh Dr. MF Sustriayu Nalim pada periode 1984 hingga 1997. Kemudian digantikan oleh Dr. Damar Tri Boewono, MS pada periode 1997 hingga 1999.